Interactieve Fylogenetische Levensboom (Ptree)

Informatiebronnen

De tool maakt gebruik van diverse gespecialiseerde databases voor taxonomie, afstamming en microbiologie:

Taxonomie

• GBIF: Classificatie van koninkrijk tot soort voor biodiversiteitsobservaties.
• COL: Geaccepteerde soortnamen en synoniemen voor alle vormen van leven.
• ITIS: Overheidsreferentie voor het koppelen van records via wetenschappelijke namen.

Afstamming (Descent)

• OTT: Synthese van evolutionaire vertakkingen uit diverse fylogenetische bomen.
• EOL: Taxonomische hiërarchie voor het combineren van beschrijvingen, media en eigenschappen.
• NCBI: Organismen die zijn benoemd en gegroepeerd voor DNA- en proteïnerecords.

Microben

• GTDB: Bacteriën en archaea gegroepeerd op basis van genoomgebaseerde afstamming.
• ICTV: Internationaal geratificeerde namen en rangen voor virussen.
• SILVA: Bacteriën, archaea en eukaryoten gegroepeerd op basis van ribosomaal RNA.

Specialismen

• WFO: Gepubliceerde plantennamen, opgelost volgens botanische regels.
• PBD: Fossiele taxa georganiseerd naar geologische ouderdom en locatie.

Analyseerbare Kenmerken

Ptree biedt de mogelijkheid om diverse biologische en ecologische eigenschappen (kolommen) te analyseren. De beschikbare parameters en hun waarden omvatten:

Microbiologie en Chemie

• Gramkleuring: Gram-negatief, Gram-variabel, Gram-positief.
• Risicogroep: Risicogroep 1, 2 en 3.
• Temperatuur: Van -65 °C tot 105 °C.
• pH-waarde: Van 0 tot 14.

Levenscyclus en Ontwikkeling

• Voortplantingsfrequentie: 0,05 tot 500 per jaar.
• Rijpheid: 0,1 dag tot 60.000 dagen.
• Levensduur: 0,01 jaar tot 15.000 jaar.
• Ontwikkelingstijd: Embryo, juveniel (bijv. 2.000 dagen).
• Aantal nakomelingen: 0,05 tot 300M.
• Massa van nakomelingen: 10 ng tot 3.000 kg.
• Ouderlijke zorg: Geen, aanwezig, bescherming, voorziening, broeden, maternaal, paternal, biparentaal, coöperatief.
• Ontogenese: Direct, larvaiër, eieren leggen, levendbarend, altriciaal, semi-precociaal, precociaal.

Voortplanting en Seksualiteit

• Geslacht en paring: Gescheiden geslachten, gecombineerde geslachten, sequentieel, gemengd, monogam, non-monogam, polygyn, polyandrous, promiscuous.
• Voortplantingswijze: Aseksueel, alternerend, seksueel, semelparous, iteroparous, intern, extern, broodparasitair.

Morfologie en Fysiologie

• Vorm: Langwerpig, taps, rond, plat, gebogen, spiraalvormig, vertakt.
• Constructie: Zacht, intern, extern, aragoniet, calciet, fosfatisch, siliciumhoudend, organisch.
• Beweging: Stationair, drijvend, facultatief, grondbewonend, klimmend, grazend, zwemmend, vliegend, mobiel.
• Voeding: Fotosynthetisch, chemosynthetisch, absorptief, herbivoor, omnivoor, predatorisch, parasitair, filterend, detritaal.
• Ademhaling: Anaeroob, zuurstofarm, flexibel, aeroob.
• Organisatie: Enkeling, groep, koloniaal, klonaal, symbiotisch.

Habitat en Ecologie

• Eerste fossiel: 0,01 Ma tot 4.000 Ma.
• Setting: Oceaan, kust, zoet water, wetland, land, gastheer, gebouwd.
• Positie: Open, oppervlakte, begraven, aangehecht, verhoogd, intern.
• Verticale range: Diepte (tot 11.000 m), hoogte (9.000 m tot -500 m).
• Klimaat: Nat tropisch, seizoensgebonden droog, montaan, aride, tropisch, subtropisch, gematigd, koud.
• Dagcyclus: Diurnaal, crepusculair, nocturnaal, cathemeraal, gemengd.
• Lichtwaarneming: Blind, waarneming, oriëntatie, beeldvorming.
• Verspreiding: Endemisch, inheems, beheerd, geïntroduceerd, genaturaliseerd, invasief.

Behoud en Populatie

• Gebruik & Handel: Voeding, medicijn, ornament, materiaal, service, geobserveerd, gecontroleerd, beperkt.
• Conservatiestatus: Least Concern, Near Threatened, Vulnerable, Endangered, Critically Endangered, Extinct in the Wild, Extinct, Data Deficient.
• Populatietrend: Dalend, stabiel, stijgend.

Fysieke Metrieken

• Lineaire omvang: Worteldiepte (tot 50 m), lengte (tot 200 m, vanaf 0,5 µm).
• Massa: 0,1 pg tot 1.000 t.
• Volume: 0,001 µm³ tot 1.000 m³.
• Nichebreedte: 0,22.
• Droogteresistentie: -15 MPa tot 0 MPa.
• Bladeconomie: Oppervlakte/massa (700 mm²/mg), stikstof (80 mg/g).
• Gasuitwisseling: Efficiëntie (180 µmol/mmol), flow (2.000 mmol/m²·s).
• Groeivorm: Boom, struik, onderstruik, kruid, gras, klimplant, succulent, geofyt.
• Persistentie: Eenjarig, tweejarig, overblijvend, bladverliezend, semi-bladverliezend, groenblijvend.

Biologische Interacties

De tool brengt diverse complexe interacties tussen soorten in kaart:

Voeding (Feeding)

• Consumptie: Eten door / eet, gepredereerd door / predeert op, gedood door / doodt.
• Voedselverwerving: Voedsel gestolen door / steelt voedsel van.
• Voeding: Gevoed door / voedt, trofisch interactie.
• Landbouw: Gefarmd door / farmt.

Parasitisme (Parasites)

• Algemeen: Parasiteert op.
• Endoparasieten: Leeft binnenin.
• Ectoparasieten: Leeft op.
• Wortelparasieten: Wortelparasiet van.
• Hemiparasieten: Hemiparasiet van.
• Parasitoïden: Parasitoïde van (onderverdeeld in endo- en ectoparasitoïden).
• Hyperparasieten: Parasiteert een parasiet.

Ziekte en Transmissie

• Pathogenen: Infecteert, wordt gedragen door / draagt.
• Reservoirgasten: Reservoir voor.

Symbiose en Gastheerschap

• Gastheerschap: Wordt gehost door / host.
• Symbionten: Mutualisten, commensalen (commensaal van).
• Bewoning: Wordt bewoond door / bewoont (zowel extern als intern).
• Gasten: Gast van.
• Mycorrhizae: Host voor ectomycorrhizae of arbusculaire mycorrhizae.
• Epifyten: Groeit op.

Bloemen en Verspreiding

• Bestuiving: Bloemen bezocht door / bezoekt bloemen van, bestoven door / bestuift.
• Verspreiding: Verspreid door / verspreidt.

Habitat en Nabijheid

• Leefomgeving: Habitat voor / leeft in, habitat gecreëerd door / creëert habitat voor.
• Rustplaatsen: Rustplaats voor / rust in.
• Interactie: Bewoond door / bewoont, leeft nabij, leeft onder / wordt bewond door onder, bezocht door / bezoekt.
• Co-existentie: Rust samen met, komt samen voor met, grenst aan.

Overige Associaties

• Ei-afzetting: Eieren gelegd op door / legt eieren op, eieren gelegd in door / legt eieren in.
• Allelopathie: Beïnvloed door allelopathie / allelopathisch tegenover.
• Ecologie: Ecologisch verwant aan / interacteert met.